新疆的土地面積最大，不過高等教育并不發達。新疆一共有20所本科院校，公辦的有16所。

第一層次

第一層次的大學包括中國石油大學（北京）克拉瑪依校區、新疆大學和石河子大學。

這三所大學都是211大學。

中國石油大學（北京）克拉瑪依校區嚴格意義上來說，不是新疆的高校。中國石油大學有兩所，一所在山東，另外一所在北京。北京的又分成兩個校區，克拉瑪依校區是2015年揭牌的。克拉瑪依油田是我國西部最大的油田，克拉瑪依市是我國西部最重要的石化基地，因此需要大量的相關人才。新疆的高等教育跟內地相比，有不小的差距，中國石油大學（北京）在克拉瑪依辦一個校區，可以非常迅速地滿足各方需求。這幾年中國石油大學克拉瑪依校區的錄取分數線也逐年走高，越來越受到學生的歡迎。

新疆大學應該算是新疆地區的第一高校，在烏魯木齊，于1960年成立，1978年成為新疆地區的唯一一所全國重點大學，16所綜合性重點大學之一。在2000年，新疆大學和新疆工學院合并。在2017年的雙一流工程中，還入選了一流大學B類，表明國家對新疆大學的重視，不過第二輪雙一流工程對B類淡化了。新疆大學的王牌學科有：中國少數民族語言文學、數學、經濟學、環境、馬克思主義哲學、化學、計算機等。

石河子大學在石河子市，是新疆建設兵團的第一學府。石河子市曾經是新疆建設兵團的總部所在地，現在新疆建設兵團的總部所在地搬到了烏魯木齊市了。石河子大學是在1996年，由石河子醫學院、石河子農學院、兵團師范專科學校、兵團經濟專科學校合并組建而成。

新疆大學跟石河子大學比，沒有農學和醫學，而石河子大學有農學和醫學，因此有些外省市的人去石河子大學讀醫學，覺得性價比不錯。其實石河子大學的農業也非常不錯，新疆地大物博，氣候特殊，是我國非常重要的一個農業基地。石河子大學的王牌專業有：化工、農學、農林經濟管理、農業機械、動物醫學、臨床醫學等學科。

新疆大學對口援助的組長是清華，石河子大學對口援助的組長是北京大學。希望將來這兩所大學發展越來越好。

第二層次

第二層次的大學包括：新疆醫科大學、新疆師范大學、新疆農業大學、新疆財經大學。

新疆醫科大學的前身之一是新疆醫學院，這是國家“一五”計劃156個重點項目之一，學校創建于1954年，在1998年，與新疆中醫學院合并成立新疆醫科大學。現新疆醫科大學有5個一級學科博士點，王牌專業有：臨床醫學、藥學、公共衛生與預防醫學、基礎醫學、中西醫結合。

新疆師范大學是改革開放后建設的第一批大學，創建于1978年，其前身是烏魯木齊市第一師范學校和新疆教師培訓部。不過新疆師范大學發展很快，1993年開始招收碩士生，現在有6個一級學科博士點。它的馬克思主義學院是全國重點馬克思主義學院，其他王牌專業有：維吾爾語言、美術學、教育學和體育學等。

新疆農業大學的前身為八一農學院，是由王震將軍于1952年創建的，1995年更名為新疆農業大學。新疆農業大學有個林場，占地有15萬畝，面積不小，不過比不了東北林業大學，中國面積最大的大學，有48萬畝。新疆農業大學有8個一級學科博士點：水利工程、農業工程、作物學、園藝學、畜牧學、獸醫學、草學、農林經濟管理。

新疆財經大學的前身是新疆省人民政府干部培訓班；1959年升格為新疆財經學院，在2000年， 新疆財經學院、新疆經濟管理干部學院和新疆財政稅務學校合并，在2007年，升格為新疆財經大學。新疆財經大學在1998年獲得碩士學位授予權，現有一個應用經濟學一級學科博士點。

第三層次

第三層次的大學包括：塔里木大學、喀什大學、伊犁師范大學。

塔里木大學的前身可追溯到1958年，由王震將軍創辦，原名叫塔里木農墾大學，王震將軍生前一直是名譽校長，在2004年，改名為塔里木大學。從歷史可以看出，農學是學校的特色和王牌

喀什大學創建于1962年，是自治區最早的五所學校之一，當時是喀什師范專科學校，1978年升格為本科院校，2015年改名為喀什大學。2003年獲得碩士授權點，現有5個一級學科碩士點，王牌學科有：教育學、中國語言文學和化學。

伊犁師范大學的前身是1948年成立的新疆省立伊犁專科學校，1980年升格為本科院校，改名為伊犁師范學院，2018年再次改名為伊犁師范大學。現在，伊犁師范大學有8個一級學科碩士點，包括：教育學、數學、物理學、化學、生物學、中國語言文學、思想政治教育和法學。

第四層次

新疆工程學院、昌吉學院、新疆理工學院、新疆科技學院、新疆第二醫學院。

新疆工程學院前身是新疆煤礦學校，創建于1958年，2012年升格為本科院校，改名為新疆工程學院，比較強的專業有：采礦、資源勘查、電氣工程及其自動化、機械、安全工程、礦物加工工程等。

昌吉學院的前身是成立于1959年的昌吉師范學校，2001年升格為本科院校，改名為昌吉學院。昌吉學院比較好的專業有：教育學、材料、數學、能源與動力、計算機等。

新疆理工學院在阿克蘇，前身是新疆大學科學技術學院，在2019年轉設為公辦大學，比較好的專業有：通信工程、機械、計算機、物流工程、過程裝備等。

新疆科技學院在庫爾勒，前身是新疆財經大學商務學院，2019年轉設為公辦大學，比較好的專業是：會計學、金融學、財務管理、人力資源管理。

新疆第二醫學院在克拉瑪依市，前身是新疆醫科大學厚博學院，在2021年轉設為公辦大學。